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Ohne jetzt bei dir nachgesehen zu haben, was im Einzelnen die Ursache ist, mal eine allgemeine Antwort.
Browser werten Codes unterschiedlich tolerant aus.
Manche ignorieren sogar Fehler und manche benötigen eine Extrawurst im Code. Auf den Hilfeseiten im Netz gibt es oft für die einzelnen Anweisungen Listen, in welchen Browsern sie funktionieren und wo nicht.
Gerade bei individuellen Styles kann es also passieren, dass sie in den Browsern unterschiedlich dargestellt werden.

Welche der drei Varianten kommt denn deiner Vorstellung, die du eigentlich einstellen wolltest am nächsten?
Dann kann man mal schauen, wie man auch die anderen Browser dazu "zwingt", das so darzustellen.

Ich habe in Deiner CSS 8 mal die gleichen Einträge für den Navihintergrungfarbe mit verschiedenen Farbenangaben gefunden.
Es kommt aber meist nur der letzte Eintrag für die Navihintergrundfarbe in der CSS zum tragen.Es sind dann alle gleichen Einträge davor überflüssig und könnten gelöscht werden.
Wie Bill es schon richtig erwähnt hat,hat jeder "Browserhersteller" seine eigene "Suppe" gekocht und so ist es z.Z., das einige CSS Anweisungen für jeden Browser "verständlich" geschrieben werden müssen,sonst verstehen sie die Anweisungen nicht.
Um jetzt nicht zu technisch zu werden,habe ich Dir mal die Anweisungen für Deinen jetzigen Farbverlauf für die Navi für alle gängigen Browser geschrieben:

ul.navigation, .navigation_wrap {
background: #5c4c73 -webkit-linear-gradient(#6b558f ,#ffff00); 
background: #5c4c73 -o-linear-gradient(#6b558f ,#ffff00);
background: #5c4c73 -moz-linear-gradient(#6b558f ,#ffff00); 
background: #5c4c73 linear-gradient(#6b558f ,#ffff00); 
width: 100%;
z-index: 200;
}
 
 

So setzt Du alles in der CSS bei Dir ein und schon versteht jeder Browser seinen Code.
Deine alten selbst eingesetzten Einträge,die die Navi einfärben sollten,kannst Du löschen.

Gruß
Olaf